حدود سالهاي 53 ـ 54 فعاليتهاي سياسي او در دانشگاه شكل گرفت و تماسهايش تشكيلاتي شد. وي براي مبارزه با رژيم شاه، نقش تعيين كننده اي را در رهبري مبارزات دانشجويي دانشگاه اهواز و غير دانشگاهيان بر عهده گرفت. در سال 55 ـ 56 او از عناصر هدايت كننده تظاهرات عليه رژيم بود. در همين ايام با برادران گروه «منصورون» مرتبط شد، او در بدو تشكيل اين گروه وارد شاخه نظامي شد و رهبري برخي عمليات مسلحانه را در آن زمان بر عهده گرفت. با تشكيل گروه «منصورون» در بهبهان . قادر شدند برادران ديگري را كه در اين جهت در بهبهان فعاليت مي كردند متشكل كنند، و كارهايي با كمترين تلفات و خسارت ممكن انجام دهند و بيشترين ضربات را بر پيكر وابستگان رژيم وارد آوردند.

پس از انقلاب او مجدداً به دانشگاه رفت اما با فرمان امام ، مبني بر تشكيل جهاد سازندگي ، به عضويت جهاد بهبهان در آمد و مدتي را نيز در آنجا به فعاليت مشغول بود. وي تا اوايل جنگ تحميلي تقريباً با همه ارگانهاي انقلابي در ارتباط بود و در آنها فعاليت مي كرد.

سردار رضايي مي گويد: «در همين مدت تصدي فرماندهي سپاه شوش ، استعداد و رشد مجيد به حدي بود كه احساس كرديم او بايد بالاتر آمده، و مسؤوليت لشكر در عمليات فتح المبين شركت كرد.

مجيد در سمت فرماندهي لشكر فجر ، حين عمليات فتح المبين ، در محور سايت عمل كرد. در واقع سايت ، يكي از محور هاي اساسي و حساس و پر خطري بود كه بر عهده لشكر فجر گذاشته شد و با لياقت و فرماندهي او به نحو احسن به اهداف خود دست يافت. پس از عمليات فتح المبين، خط پدافندي منطقه را به لشكر فجر سپردند و او منطقه را به سه تيپ تحت فرمان ، كنترل مي نمود. پيش از اين عمليات و پيش از آغاز عمليات بيت المقدس، توسط مجيد از منطقه آزاد شده در عمليات فتح المبين يك تعدادي اسير و غنايم جنگي به دست نيروهاي سپاه اسلام افتاد. سپس با شناسايي هايي كه توسط او و شهيد حسن باقري انجام شد، لوح عمليات بزرگ «الي بيت المقدس» با هدف آزاد سازي خرمشهر و تهديد بندر بصره شكل گرفت.

نقش شهيد بقايي در اين عمليات نيز همچون ديگر عمليات ها سازنده و سرنوشت ساز بود. او با برنامه ريزي دقيق و هماهنگ توانست نيروهاي تحت فرمان خود را در كنار رزمندگان هوا نيروز و از شمال فكه به جنوب برساند. و بدين ترتيب مسؤوليت خطير شكستن حصار دفاعي و ورود به شهر خرمشهر را بر عهده گرفت.

بعد از عمليات بيت المقدس، به سمت فرماندهي قرارگاه كربلا منصوب شد كه چند لشكر تحت فرماندهي ايشان بود. در عملياتهاي رمضان و محرم مسؤوليت هاي خطيري بر عهده داشت كه بعد از عمليات محرم، و پس از آنكه شهيد حسن باقري به فرماندهي نيروي زميني سپاه منصوب شد، مجيد مسؤوليت قواي يكم كربلا را به عهده گرفت.

عمليات والفجر مقدماتي در پيش و قرار بود كه مسؤولين فرماندهي نظامي ، ديداري با امام (ره) داشته باشند ، عده اي براي ديدار به تهران رفتند ول مجيد امتناع كرد و گفت كه بايد براي شناسايي اين عمليات در منطقه بمانيم، به همين دليل او و شهيد باقري و عده اي ديگر ماندند تا براي شناسايي محلي در قسمت بالاي فكه عازم شوند. مجيد شب قبل تصميم گرفته بود كه جهت ديدار از والدينش ، سري به بهبهان بزند و به اين جهت همان شب به طرف شهر حركت مي كند، ولي پس از طي حدود 40 كيلومتر از ادامه سفر منصرف شده و باز مي گردد و در جواب برادران كه از او دليل بازگشتن را پرسيدند گفت: «من در بين راه به خاطرم رسيد كه بايد در اين عمليات بيشتر از گذشته مايه بگذاريم و كار كنيم لذا احساس كردم كه اگر پيش بسيجي ها باشم و اينجا بخوابم بهتر است.‌» فردا صبح زود به اتفاق شهيد حسن باقري و چند فرمانده ديگر با دو دستگاه جيپ به طرف منطقه مورد نظر حركت كردند، مجيد در ماشين مشغول حفظ قرآن بود و سوره الفجر را مي خواند و از دوستش مي پرسد كه آيه را درست خوانده يا خير و در طول راه آيات آخر سوره فجر را تكرار مي كرد :

«يا ايتها النفس المطمئنه ارجعي الي ربك، راضيتاً مرضيه ، فادخلي في عبادي وادخلي جنتي». به اين ترتيب به منطقه مورد نظر رسيدند و همگي از خودروها پياده شدند و به سمت ديدگاه حركت نمودند. در بين راه مجيد به ساير برادران گفت: آيا مي شود انسان به اين درجاتي كه خداوند در قرآن فرموده است برسد و آيا خدا توفيق اين امر مهم را به انسان مي دهد؟ سفير گلوله هاي توپ و متعاقب آن صداي چندين انفجار فضا را گم كرد.

دو جيپ ارتشي در حال بازگشت از فكه به قرارگاه آرام و سنگين راه را مي پيمايند هر دو حاصل اجساد پاره پاره عزيزاني كه تا ساعتي پيش قلبشان به عشق خميني مي تپيد. مجيد اينك آرام گرفته است، ديگر نفس نمي كشد ، ديگر صداي ذكر گفتنش كه از اعماق گلويش بر مي خواست نمي آيد، جوي باريك خون از گوشه دهانش جاري شده، مجيد ديگر سخني نخواهد كشيد ، ديگر چشمان زيبايش بي خواب نخواهد ماند، ديگر روزها و شبها در ميان جنگ گرسنگي نخواهد كشيد. ديگر پاهايش عمري در راه اسلام و مكتب دويده و تقلا كرده بود قطع شده اند دفترچه يادداشت روزانه او را باز مي كنند ، نام 39 شهيد از دوستانش را در آن نوشته بود و مي گفت كه ما در قبال خون اين عزيزان مسؤول هستيم، اينك نام مجيد بقايي چهلمين نام اين فهرست مقدس خواهد بود.