پس از پيروزي شكوهمند انقلاب اسلامي وي گذشته از انجام وظايف روزمره به عنوان سرپرست انجمن اسلامي پايگاه هوايي اصفهان به پاسداري از دستاوردهاي پرشكوه انقلاب اسلامي كشورمان پرداخت. بابايي با دارا بودن تعهد، ايمان و تخصص و مديريت اسلامي ، چنان درخشيد كه شايستگي فرماندهي وي در پايگاه هوايي اصفهان و ارتقاء درجه او در تاريخ 7/5/1360 از درجه سرواني به درجه سرهنگ دومي ، مبيّن اين امر مي باشد. او با استفاده از امكانات موجود در پايگاه ، به عمران و آباداني روستاهاي مستضعف نشين حومه پايگاه ، و شهر اصفهان پرداخت و با تأمين آب آشاميدني بهداشتي، برق و احداث حمام و ديگر اماكن و ملزومات بهداشتي و آموزشي در اين روستاها، گذشته از تقويت خط سازندگي انقلاب اسلامي در روند هر چه مردمي كردن ارتش ، خدمات شايان توجهي ارائه نمود.

بابايي با كفايت ، لياقت و تعهد بي پاياني كه در زمان تصدي فرماندهي پايگاه اصفهان از خود نشان داد در مورخه 9/9/62 با ارتقاء به درجه سرهنگ تمامي به سمت معاون عملياتي فرماندهي نيروي هوايي منصوب و به ستاد فرماندهي در تهران منتقل شد. شهيد بابايي با روحيه شهادت طلبي به همراه شجاعت و ايثاري كه در طول سالهاي بعد در جبهه هاي نور و شرف به نمايش گذاشت صفحات نوين و زريني بر تاريخ انقلاب ، دفاع مقدّس و نيروي هوايي ارتش جمهوري اسلامي ايران افزود و با بيش از سه هزار ساعت پرواز با انواع هواپيماهاي جنگنده ، قسمت اعظم عمر خويش را در طول اين سالها در پروازهاي عملياتي و يا قرارگاهها و جبهه هاي جنگ در غرب و جنوب كشور سپري نمود و به همين خاطر او چهره آشناي بسيجيان و يار وفادار فرماندهان قرارگاههاي عملياتي بود. او به تنهايي از سال 1364 تا هنگام شهادت بيش از شصت مأموريت جنگي را با موفقيت كامل به انجام رسانيد.

بابايي به علت لياقت و رشادتهايي كه در دفاع از آرمانهاي نظام مقدس جمهوري اسلامي ايران و سركوب و دفع تجاوز دشمنان انقلاب اسلامي متجلي ساخت، در مورخة 8/2/66 به درجه سرتيپي مفتخر شد.

سرانجام سرلشكر عباس بابايي در منطقه عملياتي سردشت در حين مأموريت در تاريخ 15/5/66 به فيض عظيم شهادت نايل آمد.